據專家研究，可分解幾丁質特性的【放射線菌】或【甲殼素】拌入土壤中，可有效降低線蟲卵的孵化，達到防治根瘤線蟲的效果。若土壤中若常含有豐富之有機質時，其中多種含氮或碳量高之有機添加物的分解物，可增加抑制線蟲之菌類大量繁殖，亦可以有效地限制線蟲繁殖。土壤中若常含有豐富有機質時，土中的微生物會大量繁殖，也能限制線蟲繁殖而降低密度。某些有機質之添加，除了有肥效外，更有引誘或繁殖有益微生物(線蟲的天敵)，達到減少線蟲的目的，因此施用微生物有機質肥料亦可減低線蟲之族群密度。
【萬壽菊】、【孔雀草】和【天人菊】均為效果顯著的「拮抗植物」，其植體內分泌之特殊物質具兩種殺線蟲成分，可有效降低土壤中根瘤線蟲卵的孵化率並殺死其二齡幼蟲。將切碎生鮮植體及植體烘乾粉末效果最佳，也可以將種植一個月的植株混拌於土壤中，達到防治的效果。
